Ojciec Święty mianował ks. Janusza Mastalskiego nowym biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej.

W latach 2008-2014 Ksiądz Janusz Mastalski pełnił funkcję dziekana Wydziału Nauk Społecznych na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie. Następnie objął stanowisko prorektora Uniwerystetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie.

 Od 2017 roku pełni funkcję rektora Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie. Nominację biskupią otrzymał w 54. roku życia i 29. roku kapłaństwa